Question: blastdbcmd searching for nucleotide database
0
gravatar for Henry Helgen
4.5 years ago by
United States
Henry Helgen0 wrote:

I am trying to run blastdbcmd on the nr protein database, but it is looking for the nucleotide database index file.

I downloaded the pre-formatted databases into a new folder

[nr201410]$ blastdbcmd -db /vol1/blast/blast-nr-db/nr201410/nr -info
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/vol1/blast/blast-nr-db/nr201410/nr] in search path [/vol1/blast/blast-nr-db/nr201410:::]
[nr201410]$ ls -l /vol1/blast/blast-nr-db/nr201410/nr.pal
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 423 Oct 13 18:47 /vol1/blast/blast-nr-db/nr201410/nr.pal

 

The blastdbcmd is working on the existing nr datafiles.

[blast-nr-db]$ blastdbcmd -db nr -info
Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects
        18,280,215 sequences; 6,265,275,233 total residues

Date: May 28, 2012  4:41 AM     Longest sequence: 41,943 residues

Volumes:
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.00
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.01
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.02
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.03
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.04
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.05
        /vol1/blast/blast-nr-db/nr.06
[blast-nr-db]$

Any ideas?

ADD COMMENTlink modified 4.5 years ago by Istvan Albert ♦♦ 80k • written 4.5 years ago by Henry Helgen0

You looked at the .pal which makes sense as it is the alias file. Have you checked for the index files as well, i.e. .pin files for each of the nr volumes listed in your .pal? You are supposed to have 26 volumes if you're interested in the current version.

ADD REPLYlink modified 4.5 years ago • written 4.5 years ago by Manu Prestat3.9k

Yes, I see the .pin files

[nr201410]$ ls -l *.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 19975088 Oct 14 14:57 nr.01.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen  8062720 Oct 14 14:56 nr.02.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 11559408 Oct 14 14:56 nr.03.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 20751392 Oct 14 14:56 nr.04.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 21037440 Oct 14 14:56 nr.05.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 22751616 Oct 14 14:57 nr.06.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 18580976 Oct 14 14:56 nr.07.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen  4888520 Oct 14 14:57 nr.08.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 22482704 Oct 14 14:56 nr.09.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 19841248 Oct 14 14:56 nr.10.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 18344312 Oct 14 14:54 nr.11.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 20166048 Oct 14 14:55 nr.12.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 19019720 Oct 14 14:55 nr.13.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 16850872 Oct 14 14:55 nr.14.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 12005064 Oct 14 14:57 nr.15.pin
-rw-r--r-- 1 hhelgen hhelgen 12768624 Oct 14 14:54 nr.16.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen  1784888 Oct 14 14:52 nr.17.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen   659160 Oct 14 14:57 nr.18.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen  8175064 Oct 14 14:56 nr.19.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen 12608448 Oct 14 14:55 nr.20.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen 22241864 Oct 14 14:56 nr.21.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen 22620864 Oct 14 14:54 nr.22.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen 22730896 Oct 14 14:54 nr.23.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen 22467072 Oct 14 14:54 nr.24.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen 20103144 Oct 14 14:54 nr.25.pin
-rw-rw-r-- 1 hhelgen hhelgen  7557288 Oct 14 14:53 nr.26.pin

 

ADD REPLYlink written 4.5 years ago by Henry Helgen0

I unzipped the nr files to the new blast executable db directory keeping the existing privileges. but got the same error.

sudo tar -xvzpf nr.00.tar.gz -C /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db

The search path is the local directory not the ncbi-blast-2.2.29+/db directory.

[nr201410]$ /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/bin/blastdbcmd -db nr -info
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [nr] in search path [/vol1/blast/blast-nr-db/nr201410:::]

Then I changed to the db directory and it found it. But why doesn't it find it when using the full path?

[blast]$ cd ncbi-blast-2.2.29+/db
[db]$ ls
nr.00.phd  nr.02.pnd  nr.04.ppi  nr.07.phd  nr.09.pnd  nr.11.ppi  nr.14.phd  nr.16.pnd  nr.18.ppi  nr.21.phd  nr.23.pnd  nr.25.ppi
nr.00.phi  nr.02.pni  nr.04.psd  nr.07.phi  nr.09.pni  nr.11.psd  nr.14.phi  nr.16.pni  nr.18.psd  nr.21.phi  nr.23.pni  nr.25.psd
nr.00.phr  nr.02.pog  nr.04.psi  nr.07.phr  nr.09.pog  nr.11.psi  nr.14.phr  nr.16.pog  nr.18.psi  nr.21.phr  nr.23.pog  nr.25.psi
nr.00.pin  nr.02.ppd  nr.04.psq  nr.07.pin  nr.09.ppd  nr.11.psq  nr.14.pin  nr.16.ppd  nr.18.psq  nr.21.pin  nr.23.ppd  nr.25.psq
nr.00.pnd  nr.02.ppi  nr.05.phd  nr.07.pnd  nr.09.ppi  nr.12.phd  nr.14.pnd  nr.16.ppi  nr.19.phd  nr.21.pnd  nr.23.ppi  nr.26.phd
nr.00.pni  nr.02.psd  nr.05.phi  nr.07.pni  nr.09.psd  nr.12.phi  nr.14.pni  nr.16.psd  nr.19.phi  nr.21.pni  nr.23.psd  nr.26.phi
nr.00.pog  nr.02.psi  nr.05.phr  nr.07.pog  nr.09.psi  nr.12.phr  nr.14.pog  nr.16.psi  nr.19.phr  nr.21.pog  nr.23.psi  nr.26.phr
nr.00.ppd  nr.02.psq  nr.05.pin  nr.07.ppd  nr.09.psq  nr.12.pin  nr.14.ppd  nr.16.psq  nr.19.pin  nr.21.ppd  nr.23.psq  nr.26.pin
nr.00.ppi  nr.03.phd  nr.05.pnd  nr.07.ppi  nr.10.phd  nr.12.pnd  nr.14.ppi  nr.17.phd  nr.19.pnd  nr.21.ppi  nr.24.phd  nr.26.pnd
nr.00.psd  nr.03.phi  nr.05.pni  nr.07.psd  nr.10.phi  nr.12.pni  nr.14.psd  nr.17.phi  nr.19.pni  nr.21.psd  nr.24.phi  nr.26.pni
nr.00.psi  nr.03.phr  nr.05.pog  nr.07.psi  nr.10.phr  nr.12.pog  nr.14.psi  nr.17.phr  nr.19.pog  nr.21.psi  nr.24.phr  nr.26.pog
nr.00.psq  nr.03.pin  nr.05.ppd  nr.07.psq  nr.10.pin  nr.12.ppd  nr.14.psq  nr.17.pin  nr.19.ppd  nr.21.psq  nr.24.pin  nr.26.ppd
nr.01.phd  nr.03.pnd  nr.05.ppi  nr.08.phd  nr.10.pnd  nr.12.ppi  nr.15.phd  nr.17.pnd  nr.19.ppi  nr.22.phd  nr.24.pnd  nr.26.ppi
nr.01.phi  nr.03.pni  nr.05.psd  nr.08.phi  nr.10.pni  nr.12.psd  nr.15.phi  nr.17.pni  nr.19.psd  nr.22.phi  nr.24.pni  nr.26.psd
nr.01.phr  nr.03.pog  nr.05.psi  nr.08.phr  nr.10.pog  nr.12.psi  nr.15.phr  nr.17.pog  nr.19.psi  nr.22.phr  nr.24.pog  nr.26.psi
nr.01.pin  nr.03.ppd  nr.05.psq  nr.08.pin  nr.10.ppd  nr.12.psq  nr.15.pin  nr.17.ppd  nr.19.psq  nr.22.pin  nr.24.ppd  nr.26.psq
nr.01.pnd  nr.03.ppi  nr.06.phd  nr.08.pnd  nr.10.ppi  nr.13.phd  nr.15.pnd  nr.17.ppi  nr.20.phd  nr.22.pnd  nr.24.ppi  nr.pal
nr.01.pni  nr.03.psd  nr.06.phi  nr.08.pni  nr.10.psd  nr.13.phi  nr.15.pni  nr.17.psd  nr.20.phi  nr.22.pni  nr.24.psd
nr.01.pog  nr.03.psi  nr.06.phr  nr.08.pog  nr.10.psi  nr.13.phr  nr.15.pog  nr.17.psi  nr.20.phr  nr.22.pog  nr.24.psi
nr.01.ppd  nr.03.psq  nr.06.pin  nr.08.ppd  nr.10.psq  nr.13.pin  nr.15.ppd  nr.17.psq  nr.20.pin  nr.22.ppd  nr.24.psq
nr.01.ppi  nr.04.phd  nr.06.pnd  nr.08.ppi  nr.11.phd  nr.13.pnd  nr.15.ppi  nr.18.phd  nr.20.pnd  nr.22.ppi  nr.25.phd
nr.01.psd  nr.04.phi  nr.06.pni  nr.08.psd  nr.11.phi  nr.13.pni  nr.15.psd  nr.18.phi  nr.20.pni  nr.22.psd  nr.25.phi
nr.01.psi  nr.04.phr  nr.06.pog  nr.08.psi  nr.11.phr  nr.13.pog  nr.15.psi  nr.18.phr  nr.20.pog  nr.22.psi  nr.25.phr
nr.01.psq  nr.04.pin  nr.06.ppd  nr.08.psq  nr.11.pin  nr.13.ppd  nr.15.psq  nr.18.pin  nr.20.ppd  nr.22.psq  nr.25.pin
nr.02.phd  nr.04.pnd  nr.06.ppi  nr.09.phd  nr.11.pnd  nr.13.ppi  nr.16.phd  nr.18.pnd  nr.20.ppi  nr.23.phd  nr.25.pnd
nr.02.phi  nr.04.pni  nr.06.psd  nr.09.phi  nr.11.pni  nr.13.psd  nr.16.phi  nr.18.pni  nr.20.psd  nr.23.phi  nr.25.pni
nr.02.phr  nr.04.pog  nr.06.psi  nr.09.phr  nr.11.pog  nr.13.psi  nr.16.phr  nr.18.pog  nr.20.psi  nr.23.phr  nr.25.pog
nr.02.pin  nr.04.ppd  nr.06.psq  nr.09.pin  nr.11.ppd  nr.13.psq  nr.16.pin  nr.18.ppd  nr.20.psq  nr.23.pin  nr.25.ppd
[db]$ /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/bin/blastdbcmd -db nr -info 
Database: All non-redundant GenBank CDS translations+PDB+SwissProt+PIR+PRF excluding environmental samples from WGS projects
        51,277,671 sequences; 18,373,875,942 total residues

Date: Oct 13, 2014  6:37 PM     Longest sequence: 41,943 residues

Volumes:
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.00
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.01
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.02
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.03
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.04
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.05
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.06
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.07
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.08
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.09
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.10
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.11
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.12
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.13
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.14
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.15
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.16
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.17
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.18
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.19
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.20
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.21
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.22
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.23
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.24
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.25
        /vol1/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/nr.26

ADD REPLYlink written 4.5 years ago by Henry Helgen0
1
gravatar for Istvan Albert
4.5 years ago by
Istvan Albert ♦♦ 80k
University Park, USA
Istvan Albert ♦♦ 80k wrote:

The commands that you give are not identical note the difference:

blastdbcmd -db /vol1/blast/blast-nr-db/nr201410/nr

vs 

blastdbcmd -db nr -info

this latter finds the datbases at:

/vol1/blast/blast-nr-db/nr.00

the problem in this cases is always a path error - you are specifying a path to the database that does not exist

ADD COMMENTlink written 4.5 years ago by Istvan Albert ♦♦ 80k

Thanks for your reply.

ADD REPLYlink written 4.5 years ago by Henry Helgen0
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 2.3.0
Traffic: 930 users visited in the last hour