R: IRanges, extract seqnames values
1
0
Entering edit mode
6.3 years ago
tonja.r ▴ 490

I have an IRanges object  SEQ:

     rs60733400        1   [2516781, 2516781]      *   |         <NA>              G                  A
        rs876938        1   [2523212, 2523212]      *   |         <NA>              G                  C
        rs867435        1   [2523706, 2523706]      *   |         <NA>              C                  T
        rs867436        1   [2523723, 2523723]      *   |         <NA>              C                  T
      rs10752747        1   [2524915, 2524915]      *   |         <NA>              G                  T
             ...      ...                  ...    ... ...          ...            ...                ...
        rs137688       22 [39741091, 39741091]      *   |         <NA>              G                  A
        rs137685       22 [39739628, 39739628]      *   |         <NA>              C                  T
      rs62323904        X [58426952, 58426952]      *   |         <NA>              T                  G
      rs72834512        X [79371195, 79371195]      *   |         <NA>              T                  C
       rs3000483        Y [ 3631240,  3631240]      *   |         <NA>              T                A,C

 

I want to extract for every rs... a corresponding seqname. In the end I want to have a vector with a seqname of the same length as names(SEQ). 

I tried seqnames(SEQ) but it gives me a factor-Rle of length 2040 with 24 runs, but I have no idea how to extract "Values" parameter from there.

R • 4.1k views
ADD COMMENT
4
Entering edit mode
6.3 years ago

Given a GRanges object names SEQ:

as.character(seqnames(SEQ))

Not so intuitive, I agree.
 

ADD COMMENT

Login before adding your answer.

Traffic: 2130 users visited in the last hour
Help About
FAQ
Access RSS
API
Stats

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.

Powered by the version 2.3.6