Question: Biopython ; pdb file parsing
0
gravatar for fareehakanwal90
3.9 years ago by
Pakistan
fareehakanwal9020 wrote:

How do I extract a specific residue from a pdb file though biopython? for example I have to extract 23,24th and 27th residue only. How do i do that?

rna-seq • 1.4k views
ADD COMMENTlink written 3.9 years ago by fareehakanwal9020

here is my code:

from Bio.PDB import *
from itertools import groupby
from operator import itemgetter
parser=PDBParser()
structure=parser.get_structure('X', '4wwt_loop_mcannotate.pdb')
faa=open('4wwt_loop_mcannotate.pd','w')
#fasta=[]
reslist=[]
structure=parser.get_structure('X' , '4wwt_loop_mcannotate.pdb')
for model in structure:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            #few=residue.get_id[1]
            reslist.append(residue.get_id())
            faa.write(residue.get_resname().strip())
faa.close()
residuelist=[]
for items in reslist:
    for elemts in items:
        if elemts==' ':
            continue
        else:
            residuelist.append(elemts)
fraglist=[]
for k,g in groupby(enumerate(residuelist), lambda(i,x):i-x):
    fraglist.append(map(itemgetter(1),g))
print fraglist
myfrags=[]
myfragment=''
for ies in fraglist:
    for item in ies:   
        for model in structure:
            for chain in model:
                for residue in chain:
                    if item in residue.get_id():
                        myfragment+=residue.get_resname().strip()
                        myfragment+=str(item)
                        myfrags.append(myfragment)
                        myfragment=''
print myfrags


and this is the output i am getting

[[2724, 2725], [2741, 2742, 2743, 2744, 2745, 2746], [2792, 2793, 2794, 2795, 2796]]
['C2724', 'C2725', 'G2741', 'U2742', 'G2743', 'G2744', 'A2745', 'U2746', 'A2792', 'A2793', 'U2794', 'C2795', 'G2796']

while I want the output as set of fragments, like [CC,GUGGA, UAAUCG]

Please if someone could help

ADD REPLYlink written 3.9 years ago by fareehakanwal9020

Can you show your pdb file? Is it taken form Protein data bank?

ADD REPLYlink written 3.9 years ago by venu6.1k

no its generated by a tool. here it is:

ATOM  A16HY  P     C 12724     -52.726 -98.396 -23.094  1.00 83.28           P
ATOM  A16HZ  OP1   C 12724     -53.551 -97.182 -22.818  1.00 79.93           O
ATOM  A16I0  OP2   C 12724     -52.137 -98.580 -24.459  1.00 69.10           O
ATOM  A16I1  O5'   C 12724     -51.480 -98.583 -22.106  1.00 80.29           O
ATOM  A16I2  C5'   C 12724     -51.657 -99.000 -20.725  1.00 73.75           C
ATOM  A16I3  C4'   C 12724     -50.503 -99.839 -20.223  1.00 66.04           C
ATOM  A16I4  O4'   C 12724     -50.434-101.079 -20.965  1.00 67.14           O
ATOM  A16I5  C3'   C 12724     -49.122 -99.227 -20.393  1.00 65.11           C
ATOM  A16I6  O3'   C 12724     -48.762 -98.365 -19.343  1.00 59.91           O
ATOM  A16I7  C2'   C 12724     -48.203-100.436 -20.381  1.00 66.57           C
ATOM  A16I8  O2'   C 12724     -47.717-100.809 -19.110  1.00 69.64           O
ATOM  A16I9  C1'   C 12724     -49.074-101.484 -21.074  1.00 69.82           C
ATOM  A16IA  N1    C 12724     -48.706-101.585 -22.493  1.00 68.29           N
ATOM  A16IB  C2    C 12724     -47.487-102.186 -22.806  1.00 64.75           C
ATOM  A16IC  O2    C 12724     -46.792-102.641 -21.887  1.00 60.40           O
ATOM  A16ID  N3    C 12724     -47.107-102.274 -24.099  1.00 66.20           N
ATOM  A16IE  C4    C 12724     -47.892-101.787 -25.058  1.00 65.64           C
ATOM  A16IF  N4    C 12724     -47.479-101.907 -26.318  1.00 71.03           N
ATOM  A16IG  C5    C 12724     -49.131-101.147 -24.766  1.00 63.43           C
ATOM  A16IH  C6    C 12724     -49.491-101.058 -23.481  1.00 66.01           C
ATOM  A16II  H5'   C 12724     -52.591 -99.575 -20.635  1.00 73.75           H
ATOM  A16IJ H5''   C 12724     -51.764 -98.110 -20.087  1.00 73.75           H
ATOM  A16IK  H4'   C 12724     -50.720 -99.951 -19.150  1.00 66.04           H
ATOM  A16IL  H3'   C 12724     -49.072 -98.612 -21.304  1.00 65.11           H
ATOM  A16IM  H2'   C 12724     -47.244-100.258 -20.889  1.00 66.57           H
ATOM  A16IN HO2'   C 12724     -47.125-101.610 -19.201  1.00 69.64           H
ATOM  A16IO  H1'   C 12724     -48.927-102.465 -20.600  1.00 69.82           H
ATOM  A16IP  H41   C 12724     -48.042-101.553 -27.065  1.00 71.03           H
ATOM  A16IQ  H42   C 12724     -46.606-102.351 -26.518  1.00 71.03           H
ATOM  A16IR  H5    C 12724     -49.767-100.742 -25.567  1.00 63.43           H
ATOM  A16IS  H6    C 12724     -50.432-100.554 -23.215  1.00 66.01           H
ATOM  A16IT  P     C 12725     -48.507 -96.849 -19.665  1.00 61.20           P
ATOM  A16IU  OP1   C 12725     -48.294 -96.170 -18.358  1.00 67.89           O
ATOM  A16IV  OP2   C 12725     -49.586 -96.410 -20.597  1.00 54.80           O
ATOM  A16IW  O5'   C 12725     -47.082 -96.832 -20.385  1.00 53.96           O
ATOM  A16IX  C5'   C 12725     -45.953 -97.359 -19.673  1.00 54.51           C
ATOM  A16IY  C4'   C 12725     -44.809 -97.649 -20.602  1.00 56.51           C
ATOM  A16IZ  O4'   C 12725     -45.095 -98.818 -21.414  1.00 64.30           O
ATOM  A16J0  C3'   C 12725     -44.501 -96.576 -21.621  1.00 58.06           C
ATOM  A16J1  O3'   C 12725     -43.733 -95.569 -21.004  1.00 63.29           O
ATOM  A16J2  C2'   C 12725     -43.707 -97.358 -22.651  1.00 57.84           C
ATOM  A16J3  O2'   C 12725     -42.378 -97.557 -22.228  1.00 53.08           O
ATOM  A16J4  C1'   C 12725     -44.513 -98.658 -22.706  1.00 62.80           C
ATOM  A16J5  N1    C 12725     -45.593 -98.594 -23.703  1.00 62.23           N
ATOM  A16J6  C2    C 12725     -45.268 -98.598 -25.064  1.00 64.49           C
ATOM  A16J7  O2    C 12725     -44.079 -98.710 -25.399  1.00 65.89           O
ATOM  A16J8  N3    C 12725     -46.257 -98.488 -25.979  1.00 66.16           N
ATOM  A16J9  C4    C 12725     -47.525 -98.369 -25.578  1.00 65.14           C
ATOM  A16JA  N4    C 12725     -48.469 -98.267 -26.513  1.00 68.49           N
ATOM  A16JB  C5    C 12725     -47.881 -98.358 -24.200  1.00 62.61           C
ATOM  A16JC  C6    C 12725     -46.893 -98.469 -23.305  1.00 61.27           C
ATOM  A16JD  H5'   C 12725     -46.245 -98.281 -19.148  1.00 54.51           H
ATOM  A16JE H5''   C 12725     -45.632 -96.639 -18.905  1.00 54.51           H
ATOM  A16JF  H4'   C 12725     -43.960 -97.759 -19.911  1.00 56.51           H
ATOM  A16JG  H3'   C 12725     -45.371 -96.063 -22.057  1.00 58.06           H
ATOM  A16JH  H2'   C 12725     -43.597 -96.865 -23.628  1.00 57.84           H
ATOM  A16JI HO2'   C 12725     -41.768 -96.967 -22.757  1.00 53.08           H
ATOM  A16JJ  H1'   C 12725     -43.855 -99.493 -22.989  1.00 62.80           H
ATOM  A16JK  H41   C 12725     -49.429 -98.177 -26.247  1.00 68.49           H
ATOM  A16JL  H42   C 12725     -48.218 -98.281 -27.481  1.00 68.49           H
ATOM  A16JM  H5    C 12725     -48.930 -98.262 -23.883  1.00 62.61           H
ATOM  A16JN  H6    C 12725     -47.132 -98.459 -22.231  1.00 61.27           H
ATOM  A16X8  P     G 12741     -45.729 -97.496 -38.128  1.00 61.00           P
ATOM  A16X9  OP1   G 12741     -45.253 -98.012 -39.435  1.00 61.05           O
ATOM  A16XA  OP2   G 12741     -47.050 -97.932 -37.567  1.00 53.35           O
ATOM  A16XB  O5'   G 12741     -44.616 -97.745 -37.019  1.00 62.23           O
ATOM  A16XC  C5'   G 12741     -43.349 -97.059 -37.082  1.00 61.78           C
ATOM  A16XD  C4'   G 12741     -42.702 -97.060 -35.721  1.00 65.26           C
ATOM  A16XE  O4'   G 12741     -43.554 -96.382 -34.763  1.00 64.50           O
ATOM  A16XF  C3'   G 12741     -42.516 -98.417 -35.054  1.00 73.79           C
ATOM  A16XG  O3'   G 12741     -41.471 -99.211 -35.622  1.00 79.47           O
ATOM  A16XH  C2'   G 12741     -42.233 -97.987 -33.620  1.00 68.77           C
ATOM  A16XI  O2'   G 12741     -40.918 -97.485 -33.476  1.00 70.39           O
ATOM  A16XJ  C1'   G 12741     -43.250 -96.854 -33.450  1.00 62.92           C
ATOM  A16XK  N9    G 12741     -44.483 -97.263 -32.771  1.00 51.07           N
ATOM  A16XL  C8    G 12741     -45.733 -97.437 -33.316  1.00 44.48           C
ATOM  A16XM  N7    G 12741     -46.627 -97.803 -32.438  1.00 41.81           N
ATOM  A16XN  C5    G 12741     -45.927 -97.874 -31.241  1.00 41.10           C
ATOM  A16XO  C6    G 12741     -46.365 -98.229 -29.930  1.00 38.57           C
ATOM  A16XP  O6    G 12741     -47.489 -98.580 -29.558  1.00 35.95           O
ATOM  A16XQ  N1    G 12741     -45.328 -98.162 -29.009  1.00 39.26           N
ATOM  A16XR  C2    G 12741     -44.032 -97.814 -29.304  1.00 45.85           C
ATOM  A16XS  N2    G 12741     -43.169 -97.823 -28.275  1.00 50.70           N
ATOM  A16XT  N3    G 12741     -43.610 -97.488 -30.517  1.00 45.24           N
ATOM  A16XU  C4    G 12741     -44.603 -97.540 -31.429  1.00 44.93           C
ATOM  A16XV  H5'   G 12741     -43.497 -96.025 -37.428  1.00 61.78           H
ATOM  A16XW H5''   G 12741     -42.690 -97.551 -37.813  1.00 61.78           H
ATOM  A16XX  H4'   G 12741     -41.726 -96.599 -35.934  1.00 65.26           H
ATOM  A16XY  H3'   G 12741     -43.380 -99.089 -35.169  1.00 73.79           H
ATOM  A16XZ  H2'   G 12741     -42.313 -98.804 -32.887  1.00 68.77           H
ATOM  A16Y0 HO2'   G 12741     -40.489 -97.897 -32.672  1.00 70.39           H
ATOM  A16Y1  H1'   G 12741     -42.809 -96.076 -32.809  1.00 62.92           H
ATOM  A16Y2  H8    G 12741     -45.957 -97.284 -34.382  1.00 44.48           H
ATOM  A16Y3  H1    G 12741     -45.541 -98.384 -28.058  1.00 39.26           H
ATOM  A16Y4  H21   G 12741     -42.211 -97.579 -28.424  1.00 50.70           H
ATOM  A16Y5  H22   G 12741     -43.485 -98.073 -27.360  1.00 50.70           H
ATOM  A16Y6  P     U 12742     -41.718-100.751 -36.048  1.00 71.24           P
ATOM  A16Y7  OP1   U 12742     -43.094-100.890 -36.623  1.00 62.61           O
ATOM  A16Y8  OP2   U 12742     -41.369-101.597 -34.878  1.00 78.49           O
ATOM  A16Y9  O5'   U 12742     -40.602-100.934 -37.175  1.00 63.53           O
ATOM  A16YA  C5'   U 12742     -40.535-100.028 -38.292  1.00 64.95           C
ATOM  A16YB  C4'   U 12742     -39.163-100.011 -38.937  1.00 70.84           C
ATOM  A16YC  O4'   U 12742     -38.367 -98.917 -38.381  1.00 69.54           O
ATOM  A16YD  C3'   U 12742     -38.296-101.259 -38.768  1.00 78.65           C
ATOM  A16YE  O3'   U 12742     -37.554-101.406 -40.002  1.00 87.82           O
ATOM  A16YF  C2'   U 12742     -37.514-100.883 -37.509  1.00 75.30           C
ATOM  A16YG  O2'   U 12742     -36.331-101.531 -37.086  1.00 76.49           O
ATOM  A16YH  C1'   U 12742     -37.170 -99.441 -37.839  1.00 71.31           C
ATOM  A16YI  N1    U 12742     -36.789 -98.678 -36.645  1.00 69.27           N
ATOM  A16YJ  C2    U 12742     -35.487 -98.218 -36.566  1.00 69.26           C
ATOM  A16YK  O2    U 12742     -34.670 -98.382 -37.456  1.00 74.54           O
ATOM  A16YL  N3    U 12742     -35.186 -97.539 -35.414  1.00 67.42           N
ATOM  A16YM  C4    U 12742     -36.022 -97.299 -34.344  1.00 67.06           C
ATOM  A16YN  O4    U 12742     -35.596 -96.676 -33.373  1.00 69.95           O
ATOM  A16YO  C5    U 12742     -37.346 -97.823 -34.493  1.00 65.79           C
ATOM  A16YP  C6    U 12742     -37.672 -98.490 -35.605  1.00 67.12           C
ATOM  A16YQ  H5'   U 12742     -40.791 -99.013 -37.954  1.00 64.95           H
ATOM  A16YR H5''   U 12742     -41.287-100.317 -39.041  1.00 64.95           H
ATOM  A16YS  H4'   U 12742     -39.404 -99.918 -40.006  1.00 70.84           H
ATOM  A16YT  H3'   U 12742     -38.765-102.244 -38.625  1.00 78.65           H
ATOM  A16YU  H2'   U 12742     -38.149-101.165 -36.656  1.00 75.30           H
ATOM  A16YV HO2'   U 12742     -35.670-100.849 -36.774  1.00 76.49           H
ATOM  A16YW  H1'   U 12742     -36.311 -99.379 -38.523  1.00 71.31           H
ATOM  A16YX  H3    U 12742     -34.257 -97.177 -35.341  1.00 67.42           H
ATOM  A16YY  H5    U 12742     -38.091 -97.678 -33.697  1.00 65.79           H
ATOM  A16YZ  H6    U 12742     -38.687 -98.905 -35.693  1.00 67.12           H
ATOM  A16Z0  P     G 12743     -36.933-102.844 -40.485  1.00 85.82           P
ATOM  A16Z1  OP1   G 12743     -37.727-103.963 -39.869  1.00 70.60           O
ATOM  A16Z2  OP2   G 12743     -35.459-102.773 -40.310  1.00 94.01           O
ATOM  A16Z3  O5'   G 12743     -37.039-102.838 -42.075  1.00 77.89           O
ATOM  A16Z4  C5'   G 12743     -37.934-101.979 -42.782  1.00 83.26           C
ATOM  A16Z5  C4'   G 12743     -39.233-102.696 -43.094  1.00 85.98           C
ATOM  A16Z6  O4'   G 12743     -39.405-103.897 -42.302  1.00 81.83           O
ATOM  A16Z7  C3'   G 12743     -40.493-101.875 -42.835  1.00 86.70           C
ATOM  A16Z8  O3'   G 12743     -41.165-101.581 -44.042  1.00 81.65           O
ATOM  A16Z9  C2'   G 12743     -41.368-102.757 -41.937  1.00 88.69           C
ATOM  A16ZA  O2'   G 12743     -42.745-102.659 -42.262  1.00 91.30           O
ATOM  A16ZB  C1'   G 12743     -40.784-104.142 -42.193  1.00 88.73           C
ATOM  A16ZC  N9    G 12743     -41.008-105.121 -41.136  1.00106.20           N
ATOM  A16ZD  C8    G 12743     -40.308-105.245 -39.959  1.00113.26           C
ATOM  A16ZE  N7    G 12743     -40.725-106.235 -39.216  1.00125.14           N
ATOM  A16ZF  C5    G 12743     -41.760-106.803 -39.948  1.00126.34           C
ATOM  A16ZG  C6    G 12743     -42.596-107.915 -39.652  1.00126.41           C
ATOM  A16ZH  O6    G 12743     -42.589-108.643 -38.652  1.00126.53           O
ATOM  A16ZI  N1    G 12743     -43.513-108.151 -40.672  1.00127.11           N
ATOM  A16ZJ  C2    G 12743     -43.612-107.419 -41.830  1.00128.07           C
ATOM  A16ZK  N2    G 12743     -44.559-107.808 -42.695  1.00137.95           N
ATOM  A16ZL  N3    G 12743     -42.842-106.380 -42.116  1.00123.41           N
ATOM  A16ZM  C4    G 12743     -41.945-106.130 -41.137  1.00119.98           C
ATOM  A16ZN  H5'   G 12743     -37.463-101.640 -43.716  1.00 83.26           H
ATOM  A16ZO H5''   G 12743     -38.140-101.081 -42.181  1.00 83.26           H
ATOM  A16ZP  H4'   G 12743     -39.131-102.908 -44.169  1.00 85.98           H
ATOM  A16ZQ  H3'   G 12743     -40.257-100.908 -42.367  1.00 86.70           H
ATOM  A16ZR  H2'   G 12743     -41.349-102.472 -40.875  1.00 88.69           H
ATOM  A16ZS HO2'   G 12743     -42.849-102.572 -43.253  1.00 91.30           H
ATOM  A16ZT  H1'   G 12743     -41.266-104.587 -43.076  1.00 88.73           H
ATOM  A16ZU  H8    G 12743     -39.481-104.578 -39.672  1.00113.26           H
ATOM  A16ZV  H1    G 12743     -44.149-108.913 -40.552  1.00127.11           H
ATOM  A16ZW  H21   G 12743     -44.682-107.316 -43.557  1.00137.95           H
ATOM  A16ZX  H22   G 12743     -45.143-108.590 -42.479  1.00137.95           H
ATOM  A16ZY  P     G 12744     -41.873-100.187 -44.217  1.00 77.53           P
ATOM  A16ZZ  OP1   G 12744     -43.150-100.419 -44.959  1.00 76.41           O
ATOM  A1700  OP2   G 12744     -40.834 -99.226 -44.697  1.00 69.56           O
ATOM  A1701  O5'   G 12744     -42.363 -99.794 -42.747  1.00 77.22           O
ATOM  A1702  C5'   G 12744     -41.468 -99.174 -41.796  1.00 72.50           C
ATOM  A1703  C4'   G 12744     -42.030 -97.908 -41.173  1.00 66.67           C
ATOM  A1704  O4'   G 12744     -41.255 -97.652 -39.971  1.00 60.54           O
ATOM  A1705  C3'   G 12744     -41.977 -96.627 -42.018  1.00 66.36           C
ATOM  A1706  O3'   G 12744     -43.280 -96.232 -42.497  1.00 66.18           O
ATOM  A1707  C2'   G 12744     -41.446 -95.578 -41.041  1.00 65.22           C
ATOM  A1708  O2'   G 12744     -42.472 -94.993 -40.268  1.00 73.86           O
ATOM  A1709  C1'   G 12744     -40.602 -96.411 -40.080  1.00 61.16           C
ATOM  A170A  N9    G 12744     -39.218 -96.619 -40.498  1.00 56.56           N
ATOM  A170B  C8    G 12744     -38.790 -97.155 -41.685  1.00 57.94           C
ATOM  A170C  N7    G 12744     -37.491 -97.186 -41.793  1.00 64.51           N
ATOM  A170D  C5    G 12744     -37.032 -96.619 -40.615  1.00 65.92           C
ATOM  A170E  C6    G 12744     -35.702 -96.367 -40.167  1.00 76.01           C
ATOM  A170F  O6    G 12744     -34.633 -96.606 -40.744  1.00 79.08           O
ATOM  A170G  N1    G 12744     -35.689 -95.772 -38.911  1.00 79.81           N
ATOM  A170H  C2    G 12744     -36.805 -95.450 -38.182  1.00 83.10           C
ATOM  A170I  N2    G 12744     -36.582 -94.877 -36.988  1.00 90.37           N
ATOM  A170J  N3    G 12744     -38.048 -95.673 -38.590  1.00 78.04           N
ATOM  A170K  C4    G 12744     -38.085 -96.257 -39.806  1.00 62.86           C
ATOM  A170L  H5'   G 12744     -40.519 -98.936 -42.299  1.00 72.50           H
ATOM  A170M H5''   G 12744     -41.237 -99.895 -40.998  1.00 72.50           H
ATOM  A170N  H4'   G 12744     -43.101 -98.110 -41.021  1.00 66.67           H
ATOM  A170O  H3'   G 12744     -41.358 -96.759 -42.918  1.00 66.36           H
ATOM  A170P  H2'   G 12744     -40.929 -94.767 -41.575  1.00 65.22           H
ATOM  A170Q HO2'   G 12744     -43.356 -95.166 -40.702  1.00 73.86           H
ATOM  A170R  H1'   G 12744     -40.523 -95.867 -39.127  1.00 61.16           H
ATOM  A170S  H8    G 12744     -39.472 -97.521 -42.466  1.00 57.94           H
ATOM  A170T  H1    G 12744     -34.798 -95.563 -38.508  1.00 79.81           H
ATOM  A170U  H21   G 12744     -37.353 -94.617 -36.406  1.00 90.37           H
ATOM  A170V  H22   G 12744     -35.645 -94.710 -36.681  1.00 90.37           H
ATOM  A170W  P     A 12745     -43.460 -95.149 -43.724  1.00 62.11           P
ATOM  A170X  OP1   A 12745     -44.920 -94.919 -43.927  1.00 53.76           O
ATOM  A170Y  OP2   A 12745     -42.628 -95.597 -44.867  1.00 61.61           O
ATOM  A170Z  O5'   A 12745     -42.700 -93.862 -43.175  1.00 62.20           O
ATOM  A1710  C5'   A 12745     -42.952 -92.532 -43.665  1.00 62.22           C
ATOM  A1711  C4'   A 12745     -42.394 -91.543 -42.666  1.00 65.66           C
ATOM  A1712  O4'   A 12745     -40.933 -91.614 -42.678  1.00 65.16           O
ATOM  A1713  C3'   A 12745     -42.758 -90.067 -42.880  1.00 66.15           C
ATOM  A1714  O3'   A 12745     -43.151 -89.401 -41.663  1.00 73.78           O
ATOM  A1715  C2'   A 12745     -41.451 -89.482 -43.416  1.00 62.14           C
ATOM  A1716  O2'   A 12745     -41.343 -88.097 -43.173  1.00 59.47           O
ATOM  A1717  C1'   A 12745     -40.419 -90.303 -42.640  1.00 60.47           C
ATOM  A1718  N9    A 12745     -39.063 -90.306 -43.192  1.00 54.37           N
ATOM  A1719  C8    A 12745     -38.695 -90.431 -44.506  1.00 54.23           C
ATOM  A171A  N7    A 12745     -37.401 -90.364 -44.701  1.00 55.02           N
ATOM  A171B  C5    A 12745     -36.881 -90.177 -43.429  1.00 55.56           C
ATOM  A171C  C6    A 12745     -35.563 -90.034 -42.955  1.00 61.10           C
ATOM  A171D  N6    A 12745     -34.487 -90.070 -43.740  1.00 74.35           N
ATOM  A171E  N1    A 12745     -35.384 -89.863 -41.628  1.00 56.08           N
ATOM  A171F  C2    A 12745     -36.464 -89.833 -40.840  1.00 62.80           C
ATOM  A171G  N3    A 12745     -37.752 -89.966 -41.165  1.00 62.00           N
ATOM  A171H  C4    A 12745     -37.893 -90.139 -42.490  1.00 54.96           C
ATOM  A171I  H5'   A 12745     -44.032 -92.372 -43.800  1.00 62.22           H
ATOM  A171J H5''   A 12745     -42.480 -92.390 -44.649  1.00 62.22           H
ATOM  A171K  H4'   A 12745     -42.856 -91.848 -41.715  1.00 65.66           H
ATOM  A171L  H3'   A 12745     -43.623 -89.944 -43.548  1.00 66.15           H
ATOM  A171M  H2'   A 12745     -41.341 -89.549 -44.508  1.00 62.14           H
ATOM  A171N HO2'   A 12745     -41.950 -87.842 -42.420  1.00 59.47           H
ATOM  A171O  H1'   A 12745     -40.295 -89.867 -41.638  1.00 60.47           H
ATOM  A171P  H8    A 12745     -39.419 -90.574 -45.322  1.00 54.23           H
ATOM  A171Q  H61   A 12745     -33.575 -89.962 -43.344  1.00 74.35           H
ATOM  A171R  H62   A 12745     -34.591 -90.205 -44.725  1.00 74.35           H
ATOM  A171S  H2    A 12745     -36.262 -89.676 -39.770  1.00 62.80           H
ATOM  A171T  P     U 12746     -44.723 -89.225 -41.254  1.00 76.62           P
ATOM  A171U  OP1   U 12746     -45.373 -90.570 -41.314  1.00 74.91           O
ATOM  A171V  OP2   U 12746     -45.273 -88.097 -42.053  1.00 76.43           O
ATOM  A171W  O5'   U 12746     -44.680 -88.779 -39.716  1.00 65.33           O
ATOM  A171X  C5'   U 12746     -45.671 -89.251 -38.765  1.00 62.70           C
ATOM  A171Y  C4'   U 12746     -45.326 -88.880 -37.331  1.00 64.60           C
ATOM  A171Z  O4'   U 12746     -44.743 -90.029 -36.653  1.00 71.68           O
ATOM  A1720  C3'   U 12746     -44.339 -87.738 -37.117  1.00 65.19           C
ATOM  A1721  O3'   U 12746     -44.996 -86.503 -36.910  1.00 66.58           O
ATOM  A1722  C2'   U 12746     -43.668 -88.100 -35.797  1.00 66.48           C
ATOM  A1723  O2'   U 12746     -44.313 -87.551 -34.668  1.00 66.75           O
ATOM  A1724  C1'   U 12746     -43.616 -89.624 -35.888  1.00 71.64           C
ATOM  A1725  N1    U 12746     -42.387 -90.075 -36.563  1.00 74.41           N
ATOM  A1726  C2    U 12746     -41.236 -90.128 -35.804  1.00 70.12           C
ATOM  A1727  O2    U 12746     -41.218 -89.873 -34.615  1.00 70.37           O
ATOM  A1728  N3    U 12746     -40.110 -90.506 -36.490  1.00 70.05           N
ATOM  A1729  C4    U 12746     -40.010 -90.805 -37.830  1.00 72.27           C
ATOM  A172A  O4    U 12746     -38.922 -91.145 -38.294  1.00 73.02           O
ATOM  A172B  C5    U 12746     -41.240 -90.715 -38.552  1.00 75.18           C
ATOM  A172C  C6    U 12746     -42.357 -90.350 -37.913  1.00 78.16           C
ATOM  A172D  H5'   U 12746     -45.760 -90.344 -38.846  1.00 62.70           H
ATOM  A172E H5''   U 12746     -46.653 -88.828 -39.024  1.00 62.70           H
ATOM  A172F  H4'   U 12746     -46.295 -88.545 -36.933  1.00 64.60           H
ATOM  A172G  H3'   U 12746     -43.671 -87.625 -37.984  1.00 65.19           H
ATOM  A172H  H2'   U 12746     -42.666 -87.669 -35.651  1.00 66.48           H
ATOM  A172I HO2'   U 12746     -43.747 -86.824 -34.281  1.00 66.75           H
ATOM  A172J  H1'   U 12746     -43.624 -90.062 -34.879  1.00 71.64           H
ATOM  A172K  H3    U 12746     -39.267 -90.572 -35.957  1.00 70.05           H
ATOM  A172L  H5    U 12746     -41.268 -90.945 -39.627  1.00 75.18           H
ATOM  A172M  H6    U 12746     -43.290 -90.266 -38.489  1.00 78.16           H
ATOM  A187A  P     A 12792     -29.707 -92.279 -31.117  1.00 73.58           P
ATOM  A187B  OP1   A 12792     -28.880 -92.908 -30.033  1.00 66.02           O
ATOM  A187C  OP2   A 12792     -29.872 -92.969 -32.423  1.00 76.16           O
ATOM  A187D  O5'   A 12792     -31.207 -92.042 -30.644  1.00 70.47           O
ATOM  A187E  C5'   A 12792     -31.554 -91.380 -29.415  1.00 66.33           C
ATOM  A187F  C4'   A 12792     -33.029 -91.059 -29.439  1.00 62.89           C
ATOM  A187G  O4'   A 12792     -33.330 -90.221 -30.588  1.00 64.37           O
ATOM  A187H  C3'   A 12792     -33.935 -92.264 -29.639  1.00 59.63           C
ATOM  A187I  O3'   A 12792     -34.193 -92.928 -28.420  1.00 56.45           O
ATOM  A187J  C2'   A 12792     -35.205 -91.637 -30.197  1.00 60.33           C
ATOM  A187K  O2'   A 12792     -36.011 -91.192 -29.141  1.00 64.51           O
ATOM  A187L  C1'   A 12792     -34.664 -90.459 -31.010  1.00 63.70           C
ATOM  A187M  N9    A 12792     -34.680 -90.717 -32.453  1.00 67.77           N
ATOM  A187N  C8    A 12792     -33.618 -90.893 -33.308  1.00 67.94           C
ATOM  A187O  N7    A 12792     -33.972 -91.124 -34.550  1.00 66.07           N
ATOM  A187P  C5    A 12792     -35.358 -91.106 -34.510  1.00 65.20           C
ATOM  A187Q  C6    A 12792     -36.331 -91.294 -35.502  1.00 64.43           C
ATOM  A187R  N6    A 12792     -36.045 -91.546 -36.780  1.00 64.30           N
ATOM  A187S  N1    A 12792     -37.628 -91.218 -35.131  1.00 66.02           N
ATOM  A187T  C2    A 12792     -37.914 -90.968 -33.845  1.00 66.20           C
ATOM  A187U  N3    A 12792     -37.087 -90.787 -32.819  1.00 65.16           N
ATOM  A187V  C4    A 12792     -35.808 -90.867 -33.223  1.00 67.35           C
ATOM  A187W  H5'   A 12792     -30.965 -90.458 -29.299  1.00 66.33           H
ATOM  A187X H5''   A 12792     -31.318 -92.024 -28.555  1.00 66.33           H
ATOM  A187Y  H4'   A 12792     -33.217 -90.596 -28.459  1.00 62.89           H
ATOM  A187Z  H3'   A 12792     -33.495 -93.030 -30.295  1.00 59.63           H
ATOM  A1880  H2'   A 12792     -35.826 -92.322 -30.794  1.00 60.33           H
ATOM  A1881 HO2'   A 12792     -35.675 -91.575 -28.280  1.00 64.51           H
ATOM  A1882  H1'   A 12792     -35.310 -89.586 -30.835  1.00 63.70           H
ATOM  A1883  H8    A 12792     -32.569 -90.845 -32.981  1.00 67.94           H
ATOM  A1884  H61   A 12792     -36.784 -91.671 -37.442  1.00 64.30           H
ATOM  A1885  H62   A 12792     -35.092 -91.610 -37.076  1.00 64.30           H
ATOM  A1886  H2    A 12792     -38.985 -90.903 -33.604  1.00 66.20           H
ATOM  A1887  P     A 12793     -34.948 -94.345 -28.435  1.00 64.15           P
ATOM  A1888  OP1   A 12793     -35.571 -94.575 -27.099  1.00 70.89           O
ATOM  A1889  OP2   A 12793     -34.015 -95.363 -28.985  1.00 68.18           O
ATOM  A188A  O5'   A 12793     -36.132 -94.140 -29.482  1.00 55.24           O
ATOM  A188B  C5'   A 12793     -36.819 -95.293 -29.973  1.00 50.60           C
ATOM  A188C  C4'   A 12793     -38.293 -95.052 -29.949  1.00 48.30           C
ATOM  A188D  O4'   A 12793     -38.574 -93.940 -30.826  1.00 47.54           O
ATOM  A188E  C3'   A 12793     -39.145 -96.187 -30.497  1.00 50.62           C
ATOM  A188F  O3'   A 12793     -39.343 -97.210 -29.523  1.00 58.63           O
ATOM  A188G  C2'   A 12793     -40.414 -95.451 -30.914  1.00 48.90           C
ATOM  A188H  O2'   A 12793     -41.331 -95.264 -29.857  1.00 42.51           O
ATOM  A188I  C1'   A 12793     -39.847 -94.122 -31.427  1.00 51.07           C
ATOM  A188J  N9    A 12793     -39.682 -94.035 -32.882  1.00 56.45           N
ATOM  A188K  C8    A 12793     -38.501 -94.044 -33.583  1.00 58.00           C
ATOM  A188L  N7    A 12793     -38.655 -93.922 -34.880  1.00 58.33           N
ATOM  A188M  C5    A 12793     -40.030 -93.829 -35.046  1.00 61.82           C
ATOM  A188N  C6    A 12793     -40.839 -93.677 -36.190  1.00 66.50           C
ATOM  A188O  N6    A 12793     -40.361 -93.604 -37.432  1.00 69.04           N
ATOM  A188P  N1    A 12793     -42.174 -93.594 -36.009  1.00 66.53           N
ATOM  A188Q  C2    A 12793     -42.655 -93.655 -34.762  1.00 66.23           C
ATOM  A188R  N3    A 12793     -41.999 -93.804 -33.610  1.00 63.66           N
ATOM  A188S  C4    A 12793     -40.675 -93.889 -33.824  1.00 59.74           C
ATOM  A188T  H5'   A 12793     -36.571 -96.170 -29.357  1.00 50.60           H
ATOM  A188U H5''   A 12793     -36.491 -95.518 -30.999  1.00 50.60           H
ATOM  A188V  H4'   A 12793     -38.543 -94.904 -28.888  1.00 48.30           H
ATOM  A188W  H3'   A 12793     -38.698 -96.743 -31.334  1.00 50.62           H
ATOM  A188X  H2'   A 12793     -41.008 -96.007 -31.654  1.00 48.90           H
ATOM  A188Y HO2'   A 12793     -42.091 -95.906 -29.957  1.00 42.51           H
ATOM  A188Z  H1'   A 12793     -40.578 -93.345 -31.159  1.00 51.07           H
ATOM  A1890  H8    A 12793     -37.517 -94.144 -33.101  1.00 58.00           H
ATOM  A1891  H61   A 12793     -40.988 -93.496 -38.204  1.00 69.04           H
ATOM  A1892  H62   A 12793     -39.375 -93.657 -37.592  1.00 69.04           H
ATOM  A1893  H2    A 12793     -43.748 -93.570 -34.674  1.00 66.23           H
ATOM  A1894  P     U 12794     -39.615 -98.738 -29.985  1.00 68.40           P
ATOM  A1895  OP1   U 12794     -40.121 -98.711 -31.382  1.00 69.25           O
ATOM  A1896  OP2   U 12794     -40.433 -99.412 -28.929  1.00 63.79           O
ATOM  A1897  O5'   U 12794     -38.160 -99.404 -29.979  1.00 74.42           O
ATOM  A1898  C5'   U 12794     -37.084 -98.954 -30.845  1.00 78.39           C
ATOM  A1899  C4'   U 12794     -35.778 -99.693 -30.574  1.00 83.85           C
ATOM  A189A  O4'   U 12794     -35.068 -99.105 -29.440  1.00 91.73           O
ATOM  A189B  C3'   U 12794     -35.872-101.173 -30.228  1.00 83.38           C
ATOM  A189C  O3'   U 12794     -35.952-101.996 -31.378  1.00 78.21           O
ATOM  A189D  C2'   U 12794     -34.546-101.415 -29.521  1.00 88.98           C
ATOM  A189E  O2'   U 12794     -33.451-101.578 -30.393  1.00104.63           O
ATOM  A189F  C1'   U 12794     -34.396-100.128 -28.712  1.00 91.56           C
ATOM  A189G  N1    U 12794     -34.990-100.265 -27.369  1.00 88.22           N
ATOM  A189H  C2    U 12794     -34.223-100.882 -26.402  1.00 80.74           C
ATOM  A189I  O2    U 12794     -33.090-101.272 -26.608  1.00 90.96           O
ATOM  A189J  N3    U 12794     -34.831-101.018 -25.181  1.00 74.68           N
ATOM  A189K  C4    U 12794     -36.102-100.624 -24.835  1.00 79.80           C
ATOM  A189L  O4    U 12794     -36.506-100.818 -23.690  1.00 84.46           O
ATOM  A189M  C5    U 12794     -36.843-100.014 -25.894  1.00 85.45           C
ATOM  A189N  C6    U 12794     -36.280 -99.871 -27.099  1.00 90.37           C
ATOM  A189O  H5'   U 12794     -36.929 -97.874 -30.703  1.00 78.39           H
ATOM  A189P H5''   U 12794     -37.375 -99.101 -31.895  1.00 78.39           H
ATOM  A189Q  H4'   U 12794     -35.270 -99.593 -31.544  1.00 83.85           H
ATOM  A189R  H3'   U 12794     -36.770-101.411 -29.639  1.00 83.38           H
ATOM  A189S  H2'   U 12794     -34.550-102.348 -28.938  1.00 88.98           H
ATOM  A189T HO2'   U 12794     -33.778-101.888 -31.286  1.00104.63           H
ATOM  A189U  H1'   U 12794     -33.331 -99.890 -28.569  1.00 91.56           H
ATOM  A189V  H3    U 12794     -34.289-101.452 -24.461  1.00 74.68           H
ATOM  A189W  H5    U 12794     -37.871 -99.664 -25.719  1.00 85.45           H
ATOM  A189X  H6    U 12794     -36.873 -99.419 -27.908  1.00 90.37           H
ATOM  A189Y  P     C 12795     -36.895-103.272 -31.378  1.00 81.10           P
ATOM  A189Z  OP1   C 12795     -36.545-104.063 -32.579  1.00 88.21           O
ATOM  A18A0  OP2   C 12795     -38.295-102.815 -31.212  1.00 88.08           O
ATOM  A18A1  O5'   C 12795     -36.485-104.023 -30.031  1.00 79.83           O
ATOM  A18A2  C5'   C 12795     -35.241-104.738 -29.952  1.00 81.49           C
ATOM  A18A3  C4'   C 12795     -34.954-105.228 -28.550  1.00 80.20           C
ATOM  A18A4  O4'   C 12795     -34.930-104.120 -27.600  1.00 83.31           O
ATOM  A18A5  C3'   C 12795     -35.949-106.194 -27.924  1.00 79.76           C
ATOM  A18A6  O3'   C 12795     -35.947-107.540 -28.397  1.00 82.96           O
ATOM  A18A7  C2'   C 12795     -35.521-106.098 -26.469  1.00 83.74           C
ATOM  A18A8  O2'   C 12795     -34.290-106.737 -26.208  1.00 81.55           O
ATOM  A18A9  C1'   C 12795     -35.374-104.581 -26.322  1.00 87.95           C
ATOM  A18AA  N1    C 12795     -36.669-103.943 -25.985  1.00 89.22           N
ATOM  A18AB  C2    C 12795     -37.212-104.147 -24.708  1.00 80.95           C
ATOM  A18AC  O2    C 12795     -36.569-104.804 -23.878  1.00 80.37           O
ATOM  A18AD  N3    C 12795     -38.412-103.609 -24.407  1.00 80.17           N
ATOM  A18AE  C4    C 12795     -39.080-102.913 -25.328  1.00 89.59           C
ATOM  A18AF  N4    C 12795     -40.259-102.398 -24.985  1.00103.13           N
ATOM  A18AG  C5    C 12795     -38.560-102.701 -26.639  1.00 86.53           C
ATOM  A18AH  C6    C 12795     -37.367-103.234 -26.924  1.00 90.80           C
ATOM  A18AI  H5'   C 12795     -34.422-104.084 -30.285  1.00 81.49           H
ATOM  A18AJ H5''   C 12795     -35.268-105.596 -30.640  1.00 81.49           H
ATOM  A18AK  H4'   C 12795     -33.997-105.747 -28.707  1.00 80.20           H
ATOM  A18AL  H3'   C 12795     -36.988-105.922 -28.162  1.00 79.76           H
ATOM  A18AM  H2'   C 12795     -36.224-106.584 -25.776  1.00 83.74           H
ATOM  A18AN HO2'   C 12795     -34.131-107.448 -26.893  1.00 81.55           H
ATOM  A18AO  H1'   C 12795     -34.674-104.328 -25.512  1.00 87.95           H
ATOM  A18AP  H41   C 12795     -40.787-101.870 -25.651  1.00103.13           H
ATOM  A18AQ  H42   C 12795     -40.617-102.539 -24.062  1.00103.13           H
ATOM  A18AR  H5    C 12795     -39.119-102.121 -27.388  1.00 86.53           H
ATOM  A18AS  H6    C 12795     -36.940-103.100 -27.929  1.00 90.80           H
ATOM  A18AT  P     G 12796     -37.278-108.456 -28.265  1.00 94.45           P
ATOM  A18AU  OP1   G 12796     -36.973-109.808 -28.776  1.00101.84           O
ATOM  A18AV  OP2   G 12796     -38.421-107.711 -28.861  1.00 94.56           O
ATOM  A18AW  O5'   G 12796     -37.422-108.662 -26.691  1.00 92.08           O
ATOM  A18AX  C5'   G 12796     -38.685-109.012 -26.096  1.00 90.96           C
ATOM  A18AY  C4'   G 12796     -38.829-108.344 -24.748  1.00 90.81           C
ATOM  A18AZ  O4'   G 12796     -38.786-106.886 -24.879  1.00 93.52           O
ATOM  A18B0  C3'   G 12796     -40.144-108.615 -24.046  1.00 88.62           C
ATOM  A18B1  O3'   G 12796     -40.131-109.867 -23.390  1.00 83.73           O
ATOM  A18B2  C2'   G 12796     -40.245-107.418 -23.118  1.00 93.52           C
ATOM  A18B3  O2'   G 12796     -39.408-107.588 -21.991  1.00 88.14           O
ATOM  A18B4  C1'   G 12796     -39.789-106.298 -24.057  1.00 95.19           C
ATOM  A18B5  N9    G 12796     -40.842-105.753 -24.922  1.00 97.06           N
ATOM  A18B6  C8    G 12796     -40.847-105.731 -26.296  1.00 94.05           C
ATOM  A18B7  N7    G 12796     -41.923-105.187 -26.798  1.00 91.50           N
ATOM  A18B8  C5    G 12796     -42.672-104.818 -25.691  1.00 91.27           C
ATOM  A18B9  C6    G 12796     -43.934-104.172 -25.608  1.00 89.78           C
ATOM  A18BA  O6    G 12796     -44.667-103.789 -26.528  1.00 77.76           O
ATOM  A18BB  N1    G 12796     -44.327-103.986 -24.287  1.00 95.70           N
ATOM  A18BC  C2    G 12796     -43.601-104.372 -23.184  1.00 93.36           C
ATOM  A18BD  N2    G 12796     -44.152-104.112 -21.988  1.00 91.72           N
ATOM  A18BE  N3    G 12796     -42.419-104.964 -23.248  1.00 94.84           N
ATOM  A18BF  C4    G 12796     -42.019-105.157 -24.523  1.00 96.26           C
ATOM  A18BG  H5'   G 12796     -38.756-110.104 -25.982  1.00 90.96           H
ATOM  A18BH H5''   G 12796     -39.509-108.703 -26.757  1.00 90.96           H
ATOM  A18BI  H4'   G 12796     -37.995-108.764 -24.167  1.00 90.81           H
ATOM  A18BJ  H3'   G 12796     -41.019-108.703 -24.707  1.00 88.62           H
ATOM  A18BK  H2'   G 12796     -41.235-107.234 -22.675  1.00 93.52           H
ATOM  A18BL HO2'   G 12796     -38.640-106.950 -22.046  1.00 88.14           H
ATOM  A18BM  H1'   G 12796     -39.447-105.448 -23.448  1.00 95.19           H
ATOM  A18BN  H8    G 12796     -40.027-106.131 -26.911  1.00 94.05           H
ATOM  A18BO  H1    G 12796     -45.206-103.537 -24.126  1.00 95.70           H
ATOM  A18BP  H21   G 12796     -43.672-104.369 -21.150  1.00 91.72           H
ATOM  A18BQ  H22   G 12796     -45.043-103.661 -21.935  1.00 91.72           H
TER

ADD REPLYlink written 3.9 years ago by fareehakanwal9020
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 2.3.0
Traffic: 1117 users visited in the last hour