Entering edit mode
6.8 years ago
Ana
▴
200
Hi all, I am trying to filter my 0,1,2 genotype matrix for LD to proceed with my association study. I am using SNPrelate package but I am going crazy, does not work .... This is how my matrix looks like
Chr00c0001 68062 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA NA 1 0 NA NA NA NA 0 NA NA 1 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1 NA
Chr00c0001 68080 NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 NA NA NA NA NA 0 0 0 NA NA NA 0 NA NA 0 NA NA NA NA NA NA 0 NA NA NA NA 0 NA NA
Is there any other convenient approach that I could do this filtering job ? thanks a lot for any suggestion or link that can help me.
