Problem in featureCounts file.
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2.2 years ago

I am using featureCounts for my RNA-seq data to get count matrix. but m facing some problem with my output file. Most of the file is fine but there are few lines which shows multiple chromosome number and length etc parameters so file becomes quite weired. few lines of Output file as follows

LOC111200915    NC_027757.2 7721187 7721746 -   560 0   0   0   0

TRNAK-UUU   NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027760.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027762.2;NC_027762.2;NC_027762.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027766.2;NC_027766.2;NC_027767.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027774.2;NC_027774.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NW_019168650.1;NW_019168661.1;NW_019169624.1    7722262;29794195;4591526;30392959;11812042;16374173;30473285;11381254;21826746;42164146;17725728;9026708;27304567;30328137;23742914;35206430;29522885;14250636;27162666;15948216;3919260;3919762;2561204;2563996;6896672;19438435;2598375;2686316;38206195;12839567;21684230;49974213;14228086;49499569;61424881;7114134;35800460;48102523;19314503;63392769;6265678;15428313;15428619;16450674;21339001;16479044;42214667;22229939;28583827;27326928;40244035;47777439;40154049;27979494;37088912;5364261;5434733;41556796;46568020;46603547;126231;117826;381 7722333;29794266;4591597;30393030;11812113;16374244;30473356;11381325;21826817;42164217;17725799;9026779;27304638;30328208;23742985;35206501;29522956;14250707;27162737;15948287;3919331;3919833;2561275;2564067;6896743;19438506;2598446;2686387;38206266;12839638;21684303;49974284;14228158;49499640;61424952;7114205;35800531;48102594;19314573;63392840;6265749;15428384;15428690;16450745;21339072;16479115;42214738;22230010;28583898;27326999;40244106;47777510;40154120;27979565;37088983;5364332;5434804;41556867;46568091;46603618;126302;117897;452 -;-;+;+;-;-;-;+;+;+;+;-;-;-;+;+;-;+;+;-;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;+;-;-;+;+;+;+;-;-;+;+;+;+;+;+;-;-;+;-;-;-;-;+;+;-;+;+;-;-;-;+;-;-   4538    0   0   0   2

LOC106389707    NC_027757.2 7723275 7735645 +   12371   28  64  72  26

TRNAS-UGA   NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027758.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027762.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027766.2;NC_027767.2;NC_027769.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027773.2;NC_027775.2;NW_019168715.1;NW_019168733.1;NW_019168742.1;NW_019168742.1;NW_019168777.1;NW_019169186.1   7741280;24078124;34525595;10666899;19121740;21792764;41600846;20656779;29654010;30359405;30364011;146499;16721062;16742864;25727874;270249;273544;21630844;18265728;35735409;10545640;40910799;42250306;30289161;43510566;53742535;14169175;52832;161881;92191;97826;108690;17715   7741361;24078205;34525676;10666980;19121821;21792845;41600927;20656860;29654091;30359486;30364092;146580;16721143;16742945;25727955;270330;273625;21630925;18265809;35735490;10545720;40910880;42250387;30289242;43510647;53742616;14169256;52913;161962;92272;97908;108771;17796   +;+;+;-;+;-;-;-;+;+;+;-;-;-;+;-;-;+;-;-;-;+;+;-;+;-;+;+;+;+;+;-;-   2706    16  0   0   2

LOC111212312    NC_027757.2 7742849 7744516 -   1668    12  12  20  18

LOC106389700    NC_027757.2 7745526 7751006 +   5481    355 1142    809 283

TRNAM-CAU NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027757.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027758.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027759.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027760.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027761.2;NC_027762.2;NC_027762.2;NC_027763.2;NC_027763.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027764.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027765.2;NC_027766.2;NC_027767.2;NC_027767.2;NC_027767.2;NC_027767.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027768.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027769.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027770.2;NC_027771.2;NC_027771.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027772.2;NC_027773.2;NC_027773.2;NC_027774.2;NC_027774.2;NC_027775.2;NC_027775.2;NW_019168597.1;NW_019168597.1;NW_019168597.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168607.1;NW_019168661.1;NW_019168661.1;NW_019168962.1;NW_019169232.1;NW_019169386.1;NW_019169386.1   7766741;12035900;25162822;2622328;15251405;15256964;15700018;30499699;9284618;34373920;34386997;34986381;5811235;6956535;7212511;22694131;8219703;11681461;12263521;42077677;47051364;4492638;4496862;4504647;5267769;13546321;17340111;18016513;18019553;19667490;7521328;30384288;20640082;23036266;29571658;16141098;22061468;11743442;17782092;26356994;27734020;6306439;29569234;33675605;9544320;7730407;30266683;50013620;32697633;3588609;8891568;8903752;10647309;20821820;62557474;68091486;11662878;11667999;18756649;36593443;37134941;13000871;21437492;47331317;12242146;12607490;12657306;12723403;12773531;35280203;35285871;64036255;42279742;42284266;2930635;29193324;37767504;40293770;54057933;29775268;38105806;6410007;38322105;234825;301157;358076;27870;77530;181784;231488;143598;297634;347360;196359;197648;3720;24538;1212;7467   7766826;12035971;25162893;2622400;15251476;15257035;15700089;30499784;9284689;34374004;34387081;34986452;5811306;6956606;7212582;22694202;8219774;11681545;12263592;42077748;47051435;4492709;4496933;4504718;5267853;13546392;17340195;18016597;18019637;19667561;7521412;30384373;20640167;23036350;29571743;16141182;22061539;11743513;17782163;26357078;27734104;6306523;29569318;33675676;9544391;7730478;30266756;50013705;32697704;3588682;8891652;8903836;10647380;20821891;62557545;68091557;11662949;11668070;18756733;36593515;37135012;13000942;21437562;47331401;12242219;12607563;12657379;12723476;12773604;35280288;35285956;64036339;42279827;42284351;2930719;29193408;37767575;40293855;54058004;29775339;38105890;6410078;38322176;234898;301230;358149;27943;77603;181857;231561;143671;297707;347433;196444;197733;3804;24611;1296;7551   +;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;-;+;+;+;+;-;-;-;+;+;+;+;+;+;+;-;-;-;-;-;+;+;+;-;-;-;-;-;+;+;+;-;-;-;+;+;+;+;+;+;+;-;+;+;+;-;+;+;-;+;-;+;+;-;-;-;-;+;+;+;+;+;-;+;-;-   7672    40  70  66  212

LOC106389696    NC_027757.2 7766898 7769713 +   2816    0   72  48  22
RNA-Seq rna-seq featureCounts • 409 views
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Those are likely exons/multiple copies of the gene at the indicated locations? What do the entry for one of these genes look like in your GTF/GFF file (grep TRNAM-CAU your.GTF)?

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looks like multiple location of same gene

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If you are summarizing at gene level then featureCounts is reporting those locations in the same column of the output file. Those columns are generally not used in downstream analysis anyway. File should be tab separated and columns will line up if you were to read/import the file in.

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Yeah Thanks. got it.

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