For example the BAM ﬁles contain genomic regions from chromosome 18 covered by short reads obtained from NGS-Illumina experiment (MRE-seq).
I need to create a BED file containing the following columns:
- the ﬁrst column is of type character and contains the chromosome of the region (e.g. chr1)
- the second column is of type numeric and contains the start position of the mapped read
- the third column is of type numeric and contains the stop position of the mapped read
- the fourth column contains the nucleotide sequence of the mapped read
An example BED file is:
chr18 9954 10104 AACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTACCCTAACCCTAACCCTACCCTAACCC 0 - chr18 10053 10203 TAACCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAACCCTGAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT 0 - chr18 10084 10234 CCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTTAACCCTAACCA 0 + chr18 10112 10262 ACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTTAACCTTAACCCTAACCCTTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAA 0 + chr18 10114 10264 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTTAACCCTAACCCTTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACC 0 + chr18 10116 10266 TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT 0 + chr18 10126 10276 CCTAACCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACC 0 + chr18 10139 10289 CAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA 0 - chr18 10148 10298 AACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCCAACCCCAA 0 +