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2.5 years ago
Michal Nevo
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Hello,
What is the meaning of lines that have only 4 GT values in an 8 ploidy VCF file?
for example: 1/1/1/1:8:0,8:0:0:8:262 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:105 instead of 1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:72
this is the command I used to create each one of the VCF files:
freebayes -f $REF -p 8 $SORTED_BAM > $OUTPUT
this is the command I used to create the merged VCF file:
bcftools merge $M1 $M3 $M5 $M7 $M9 $F1 $F2 $F4 $F6 $F8 -o $output_file
this is my file:
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT m1.sorted.bam M3.sorted.bam M5.sorted.bam M7.sorted.bam M9.sorted.bam F1.sorted.bam F2.sorted.bam F4.sorted.bam F6.sorted.bam F8.sorted.bam
CACTIG010000001.1 46153 . T A 166.925 . DPB=8;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.9204;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=45;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=10;CIGAR=1X;DPRA=0;EPP=16.9077;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23.4;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=363;RPL=3;RPP=6.48466;RPR=7;RUN=1;SAF=8;SAP=10.8276;SAR=2;TYPE=snp;AN=60;AC=60 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA 1/1/1/1:8:0,8:0:0:8:262 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:105 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:102 1/1/1/1:3:0,3:0:0:3:108 1/1/1/1:4:0,4:0:0:4:135 1/1/1/1/1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:161 1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:74 1/1/1/1/1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:184 1/1/1/1/1/1/1/1:2:0,2:0:0:2:72 1/1/1/1/1/1/1/1:10:0,10:0:0:10:363
CACTIG010000001.1 48045 . T G 110.751 . DPB=8;EPPR=0;GTI=0;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.9204;PAIREDR=0;PQR=0;PRO=0;QR=0;RO=0;RPPR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;DP=69;AB=0;ABP=0;AF=1;AO=10;CIGAR=1X;DPRA=0;EPP=10.8276;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7.9;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=353;RPL=6;RPP=3.87889;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;TYPE=snp;AN=60;AC=60 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA 1/1/1/1:8:0,8:0:0:8:293 1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:185 1/1/1/1:9:0,9:0:0:9:318 1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:180 1/1/1/1:5:0,5:0:0:5:184 1/1/1/1/1/1/1/1:7:0,7:0:0:7:248 1/1/1/1/1/1/1/1:7:0,7:0:0:7:260 1/1/1/1/1/1/1/1:4:0,4:0:0:4:147 1/1/1/1/1/1/1/1:9:0,9:0:0:9:330 1/1/1/1/1/1/1/1:10:0,10:0:0:10:353
