Pacbio workflow
1
0
Entering edit mode
13 months ago
priya.bmg ▴ 40

Hello

I will be starting to work on long-sequence reads from pacbio in few months https://github.com/PacificBiosciences/pb-human-wgs-workflow-snakemake. So, I have started working on the pacbio pipeline from Github. I need some advice in discovering the structural variants using pbsv. I couldn't find any information about the variants in the vcf file. Is any of the steps followed is not correct?. If there is any workflow to understand the steps in processing the sample

I downloaded fasta files from https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR10382244 and https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?run=SRR10382245. Then converted the fasta files to bam files. Using pbmm2, aligned the bam with reference genome:

pbmm2 align gch38.fa SRR10382244.1.bam ref.moviecheck1.bam --sort --preset CCS --sample sample1
pbmm2 align gch38.fa SRR10382245.1.bam ref.moviecheck2.bam --sort --preset CCS --sample sample2

Then discovered the structural variation:

pbsv discover ref.moviecheck1.bam ref.sample1.svsig.gz

pbsv discover ref.moviecheck2.bam ref.sample2.svsig.gz

Then call the structural variants and assign the genotypes:

pbsv call gch38.fa ref.sample1.svsig.gz ref.sample2.svsig.gz ref.var.vcf

The ref.var file only has headers with no information about the variant

##contig=<ID=NW_012132916.1,length=373699>
##contig=<ID=NW_012132917.1,length=165718>
##contig=<ID=NW_012132918.1,length=320750>
##contig=<ID=NW_012132919.1,length=179932>
##contig=<ID=NW_012132920.1,length=2365364>
##contig=<ID=NW_012132921.1,length=169136>
##contig=<ID=NW_013171799.1,length=90922>
##contig=<ID=NW_013171800.1,length=163749>
##contig=<ID=NW_013171801.1,length=236512>
##contig=<ID=NW_013171802.1,length=245716>
##contig=<ID=NW_013171803.1,length=82315>
##contig=<ID=NW_013171804.1,length=163882>
##contig=<ID=NW_013171805.1,length=134099>
##contig=<ID=NW_013171806.1,length=185507>
##contig=<ID=NW_013171807.1,length=264545>
##contig=<ID=NW_013171808.1,length=181958>
##contig=<ID=NW_013171809.1,length=109323>
##contig=<ID=NW_013171810.1,length=168146>
##contig=<ID=NW_013171811.1,length=123480>
##contig=<ID=NW_013171812.1,length=59016>
##contig=<ID=NW_013171813.1,length=267463>
##contig=<ID=NW_013171814.1,length=407387>
##contig=<ID=NW_014040925.1,length=141019>
##contig=<ID=NW_014040926.1,length=349938>
##contig=<ID=NW_014040927.1,length=212205>
##contig=<ID=NW_014040928.1,length=205101>
##contig=<ID=NW_014040929.1,length=405389>
##contig=<ID=NW_014040930.1,length=155930>
##contig=<ID=NW_014040931.1,length=174749>
##contig=<ID=NW_015148966.1,length=196940>
##contig=<ID=NW_015148967.1,length=315610>
##contig=<ID=NW_015148968.1,length=145162>
##contig=<ID=NW_015148969.1,length=101037>
##contig=<ID=NW_015495298.1,length=278659>
##contig=<ID=NW_015495299.1,length=535088>
##contig=<ID=NW_015495300.1,length=230434>
##contig=<ID=NW_015495301.1,length=205407>
##contig=<ID=NW_016107297.1,length=362221>
##contig=<ID=NW_016107298.1,length=673059>
##contig=<ID=NW_016107299.1,length=154723>
##contig=<ID=NW_016107300.1,length=163926>
##contig=<ID=NW_016107301.1,length=170206>
##contig=<ID=NW_016107302.1,length=168131>
##contig=<ID=NW_016107303.1,length=293522>
##contig=<ID=NW_016107304.1,length=241058>
##contig=<ID=NW_016107305.1,length=159285>
##contig=<ID=NW_016107306.1,length=178197>
##contig=<ID=NW_016107307.1,length=166713>
##contig=<ID=NW_016107308.1,length=99845>
##contig=<ID=NW_016107309.1,length=161095>
##contig=<ID=NW_016107310.1,length=223118>
##contig=<ID=NW_016107311.1,length=100553>
##contig=<ID=NW_016107312.1,length=156965>
##contig=<ID=NW_016107313.1,length=171263>
##contig=<ID=NW_016107314.1,length=145691>
##contig=<ID=NW_017363813.1,length=411654>
##contig=<ID=NW_017363814.1,length=420675>
##contig=<ID=NW_017363815.1,length=139427>
##contig=<ID=NW_017363816.1,length=140877>
##contig=<ID=NW_017363817.1,length=281919>
##contig=<ID=NW_017363818.1,length=246895>
##contig=<ID=NW_017363819.1,length=276292>
##contig=<ID=NW_017363820.1,length=188004>
##contig=<ID=NW_017852928.1,length=551020>
##contig=<ID=NW_017852929.1,length=142129>
##contig=<ID=NW_017852930.1,length=468267>
##contig=<ID=NW_017852931.1,length=156998>
##contig=<ID=NW_017852932.1,length=265876>
##contig=<ID=NW_017852933.1,length=1927115>
##contig=<ID=NW_018654706.1,length=166136>
##contig=<ID=NW_018654707.1,length=140355>
##contig=<ID=NW_018654708.1,length=330031>
##contig=<ID=NW_018654709.1,length=181658>
##contig=<ID=NW_018654710.1,length=140361>
##contig=<ID=NW_018654711.1,length=175849>
##contig=<ID=NW_018654712.1,length=135987>
##contig=<ID=NW_018654713.1,length=242796>
##contig=<ID=NW_018654714.1,length=589656>
##contig=<ID=NW_018654715.1,length=680662>
##contig=<ID=NW_018654716.1,length=165120>
##contig=<ID=NW_018654717.1,length=6367528>
##contig=<ID=NW_018654718.1,length=1046838>
##contig=<ID=NW_018654719.1,length=64689>
##contig=<ID=NW_018654720.1,length=174808>
##contig=<ID=NW_018654721.1,length=171798>
##contig=<ID=NW_018654722.1,length=690932>
##contig=<ID=NW_018654723.1,length=78609>
##contig=<ID=NW_018654724.1,length=93070>
##contig=<ID=NW_018654725.1,length=48370>
##contig=<ID=NW_018654726.1,length=209722>
##contig=<ID=NW_019805487.1,length=44955>
##contig=<ID=NW_019805488.1,length=164041>
##contig=<ID=NW_019805489.1,length=197752>
##contig=<ID=NW_019805490.1,length=302885>
##contig=<ID=NW_019805491.1,length=105527>
##contig=<ID=NW_019805492.1,length=195063>
##contig=<ID=NW_019805493.1,length=172555>
##contig=<ID=NW_019805494.1,length=103072>
##contig=<ID=NW_019805495.1,length=305244>
##contig=<ID=NW_019805496.1,length=279644>
##contig=<ID=NW_019805497.1,length=301637>
##contig=<ID=NW_019805498.1,length=181167>
##contig=<ID=NW_019805499.1,length=154139>
##contig=<ID=NW_019805500.1,length=480415>
##contig=<ID=NW_019805501.1,length=116753>
##contig=<ID=NW_019805502.1,length=230843>
##contig=<ID=NW_019805503.1,length=163186>
##contig=<ID=NW_021159987.1,length=145975>
##contig=<ID=NW_021159988.1,length=84043>
##contig=<ID=NW_021159989.1,length=215443>
##contig=<ID=NW_021159990.1,length=235734>
##contig=<ID=NW_021159991.1,length=341066>
##contig=<ID=NW_021159992.1,length=53476>
##contig=<ID=NW_021159993.1,length=176674>
##contig=<ID=NW_021159994.1,length=125549>
##contig=<ID=NW_021159995.1,length=276109>
##contig=<ID=NW_021159996.1,length=89956>
##contig=<ID=NW_021159997.1,length=73265>
##contig=<ID=NW_021159998.1,length=254759>
##contig=<ID=NW_021159999.1,length=25408>
##contig=<ID=NW_021160000.1,length=454963>
##contig=<ID=NW_021160001.1,length=292944>
##contig=<ID=NW_021160002.1,length=45257>
##contig=<ID=NW_021160003.1,length=165419>
##contig=<ID=NW_021160004.1,length=270122>
##contig=<ID=NW_021160005.1,length=217075>
##contig=<ID=NW_021160006.1,length=170928>
##contig=<ID=NW_021160007.1,length=297568>
##contig=<ID=NW_021160008.1,length=192531>
##contig=<ID=NW_021160009.1,length=7309>
##contig=<ID=NW_021160010.1,length=158944>
##contig=<ID=NW_021160011.1,length=65394>
##contig=<ID=NW_021160012.1,length=409912>
##contig=<ID=NW_021160013.1,length=399183>
##contig=<ID=NW_021160014.1,length=264228>
##contig=<ID=NW_021160015.1,length=97763>
##contig=<ID=NW_021160016.1,length=369264>
##contig=<ID=NW_021160017.1,length=5500449>
##contig=<ID=NW_021160018.1,length=396515>
##contig=<ID=NW_021160019.1,length=270967>
##contig=<ID=NW_021160020.1,length=137908>
##contig=<ID=NW_021160021.1,length=56695>
##contig=<ID=NW_021160022.1,length=493165>
##contig=<ID=NW_021160023.1,length=519485>
##contig=<ID=NW_021160024.1,length=461303>
##contig=<ID=NW_021160025.1,length=12295>
##contig=<ID=NW_021160026.1,length=412368>
##contig=<ID=NW_021160027.1,length=403128>
##contig=<ID=NW_021160028.1,length=28824>
##contig=<ID=NW_021160029.1,length=68192>
##contig=<ID=NW_021160030.1,length=14678>
##contig=<ID=NW_021160031.1,length=17435>
#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT

Thanks

structural pbsv variants • 558 views
ADD COMMENT
0
Entering edit mode
6 months ago
Maxine • 0

Hi, Have you checked the std info of the process? There must be an error/warning info.

ADD COMMENT

Login before adding your answer.

Traffic: 2528 users visited in the last hour
Help About
FAQ
Access RSS
API
Stats

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.

Powered by the version 2.3.6