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2.5 years ago
rheab1230
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Hello,
I am using cyvcf2 to parse the vcf file I am using this command:
cyvcf2 chr22_id1.vcf
But it's giving me an error:
[E::bcf_hdr_parse_line] Could not parse the header line: "##contig=<ID=22 16062270 chr22_16062270_G_T_b37 G T 100 PASS AA=.;AC=12;AF=0.01;ALLELE=T;AMR_AF=0.02;AN=2184;AVGPOST=0.9884;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.001;EUR_AF=0.01;GERP=.;LDAF=0.0108;RSQ=0.5678;SEVERE_GENE=ENSG00000233866;SEVERE_IMPACT=NC_TRANSCRIPT_VARIANT;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0025;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIV"...
[E::vcf_parse] Could not add dummy header for contig '22 16062270 chr22_16062270_G_T_b37 G T 100 PASS AA=.;AC=12;AF=0.01;ALLELE=T;AMR_AF=0.02;AN=2184;AVGPOST=0.9884;DAF_GLOBAL=.;ERATE=0.001;EUR_AF=0.01;GERP=.;LDAF=0.0108;RSQ=0.5678;SEVERE_GENE=ENSG00000233866;SEVERE_IMPACT=NC_TRANSCRIPT_VARIANT;SNPSOURCE=LOWCOV;THETA=0.0025;VT=SNP;ANNOTATION_CLASS=ACTIVE_CHROM,NC_TRANSCRIPT_VARIANT;CELL=GM12878,.;CHROM_STATE=13,.;GENE_ID=.,ENSG00000233866;GENE_NAME=.,LA16c-4G1.3;TR_BIOTYPE=.,LINCRNA;TR_ID=.,ENST00000424770;TR_LENGTH=.,586;TR_STRAND=.,1 GT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 1|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0'
2022-05-23 14:48:26 cyvcf2.cli[30946] WARNING error parsing variant with htslib::bcf_read error-code: 0 and ret: -2
Aborted!
Can anyone help me out with this.
Thank you
This doesn't look like a vcf file.
What is the output of
I have added the output for the above command: for command (1): file chr22_id1.vcf
for command2: head chr22_id1.vcf
for command3: grep "#CHROM" -C2 chr22_id1.vcf
The only difference is the ID column; I had to edit the ID column with this format
chr22_16062270_G_T_b37
to do further analysis.thanks it does look like a vcf.
if the command
prints OK and shows no error, then it's a problem with cyvcf2
otherwise , your vcf is broken somewhere.
I checked with the above command and it seems like my vcf file is broken: