Hello everyone,when i check the rst file for the w of each site,but why the postmean_w are all greater than 1,even there is no nucleotide substitution
for example:
Model 8: beta&w>1
TREE # 1
dN/dS (w) for site classes (K=11)
p: 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.07545 0.24549
w: 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 1.00000 20.24877
Naive Empirical Bayes (NEB) probabilities for 11 classes & postmean_w & P(w>1)
(amino acids refer to 1st sequence: P6497)
1 M 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.09126 0.08743 ( 1) 2.683 0.087
2 R 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.08001 0.19987 (11) 4.847 0.200
3 L 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.08364 0.16358 (11) 4.149 0.164
4 S 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.08268 0.17319 (11) 4.334 0.173
5 S 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.08636 0.13640 (11) 3.625 0.136
6 F 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.08468 0.15322 (11) 3.949 0.153
7 A 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.08819 0.11811 (11) 3.273 0.118
8 L 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.08517 0.14826 (11) 3.854 0.148
