Consolidate gVCF calling
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9 weeks ago
anahit • 0

Hi. I am running genotyping with HaplotypeCaller and GenotypeGVCFs. After that, in the genotype information for some samples in my vcf I found some calls containing multiple genotypes (e.g. 0|0:8,0:11:99:0|1:10777_AGGCGCGGAGG_A:102,126,462:). What could be the issue? Thank you!

Here is the full line:

chr10 10787 . G GGGCGCGCAGCGCCGGCGCA 356.99 PASS AC=1;AF=0.014;AN=18;BaseQRankSum=-1.762;DP=4023;Ex cessHet=5.9448;FS=9.809;InbreedingCoeff=-0.2879;MLEAC=1;MLEAF=0.014;MQ=40.11;MQRankSum=-0.782;QD=3.19;ReadPosRankSum=-1.25 ;SOR=0.201;VQSLOD=-7.719;culprit=MQ GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL:PS ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:3,0:9:99:.:.:243,252,3 78:. 0/0:7,0:10:99:.:.:105,126,420:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.: .:.:.:. 0/0:4,0:6:72:.:.:72,84,252:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.: .:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:3,2:14:99:.:.: 369,378,504:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:9,3:15:99:.:.:99,126,504:. ./ .:.:.:.:.:.:.:. 0/0:10,3:14:12:.:.:12,42,462:. 0/0:15,1:18:41:.:.:41,84,673:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:.. /.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./.:.:.:.:.:.:.:. ./ .:.:.:.:.:.:.:. 0/0:11,2:15:51:.:.:51,84,546:. ./.:.:.:.:.:.:.:. 0|0:8,0:11:99:0|1:10777_AGGCGCGGAGG_A:102,126,462: 10777 ./.:.:.:.:.:.:.:.

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