Entering edit mode
6.0 years ago
bikash2510
▴
30
When I am trying to do enrichpathway in ReactomePA package, I am getting zero observation. No entrezid is mapped.
> gene<-c("64240", "6296", "196883", "153", "155", "4299", "2334", "79026",
"9495", "1109", "23294", "50636", "343", "394", "50649", "23204",
"728619", "440", "23300", "90135", "695", "399947", "84645",
"401027", "401097", "727", "767", "57685", "23473", "858", "126075",
"6348", "6351", "901", "729230", "952", "1013", "54825", "10715",
"79094", "337876", "163732", "51192", "22866", "256076", "594855",
"1373", "1395", "122011", "8048", "8530", "441521", "115908",
"1511", "340578", "8526", "729582", "1742", "58512", "28514",
"1756", "26052", "1791", "100130771", "93556", "8672", "954",
"2034", "83715", "83648", "400823", "2274", "23768", "114984",
"118924", "9846", "2650", "219970", "653641", "2974", "51454",
"3040", "54435", "55363", "3091", "9454", "59340", "51214", "3554",
"3653", "122953", "386679", "54900", "116842", "3963", "3981",
"22998", "114038", "158038", "80350", "84918", "10150", "79150",
"440823", "4312", "4352", "56667", "83955", "79923", "89796",
"606", "9611", "64067", "4883", "56675", "9378", "4914", "126014",
"165140", "10039", "23037", "221692", "51588", "118788", "10769",
"51090", "23129", "5435", "285755", "5504", "29968", "11168",
"5733", "5746", "22931", "378948", "51308", "5979", "57127",
"56163", "649946", "6278", "6286", "148418", "6403", "710", "5274",
"26040", "81537", "83699", "148641", "85414", "159963", "6536",
"23657", "55512", "6619", "100126781", "84973", "26770", "728524",
"6689", "6696", "6704", "6708", "6767", "90627", "6779", "474338",
"100130958", "85360", "1155", "122402", "7006", "100124696",
"7015", "7019", "53346", "284186", "160418", "8794", "7293",
"7170", "7173", "373", "7222", "1831", "7291", "7302", "10537",
"10720", "80329", "7402", "7422", "79674", "7453", "9589", "54739")
>> yy = enrichPathway(gene, pvalueCutoff=0.05)
>>head(yy)
[1] ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID
[9] Count
<0 rows> (or 0-length row.names)