bcftools failed to merge

Question

[Jihyun]

I used bcftools for merge the individual vcf to merged vcf, but command give me awkward result. When I used bcftools for merge in 50 file, it works well, but over 100 files, it generate only one individual vcfs. There is no error message like index error, but result is not what I want. All vcf files are filtered with vcftools and bcftools, and chromosome labeling was done.

My command line is this:

bcftools merge -l merge.list -0 -Oz -o merged.vcf.gz

and I change directory, same result comes out.

merge list(1)

/data/repository/with/onefile/CON1.vcf.gz
...
/data/repository/with/onefile/CASE1.vcf.gz
...

merge list (2)

/data/repository/with/CON/CON1.vcf.gz
...
/data/repository/with/CASE/CASE1.vcf.gz
...

what I want is:

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  CON1 CON2 CON3 CON4 CON5 CON6 CON7 CON8 CON9 CON10 CON11 CON12 CON13 CON14 CON15 CON16 CON17 CON18 CON19 CON19 CON20 CON21 CON22 CON23 CASE1   CASE2        CASE3        CASE4        CASE5        CASE6        CASE7        CASE8        CASE9        CASE10        CASE11        CASE12        CASE13        CASE14     CASE15 CASE16        CASE17        CASE18        CASE19        CASE20        CASE21        CASE22       CASE23        CASE24
chrN    XXXXX   .       T       A       20      PASS    SNVHPOL=2;MQ=35 GT:GQ:GQX:DP:DPF:AD:ADF:ADR:SB:FT:PL    0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:50:4:4:0:2,2:2,2:0,0:0:PASS:55,0,51 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
chrN    XXXXX   .       A       C       19      PASS    SNVHPOL=3;MQ=37 GT:GQ:GQX:DP:DPF:AD:ADF:ADR:SB:FT:PL    0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/1:21:4:3:0:1,2:1,1:0,1:-4.3:PASS:53,0,18    0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.       0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0/0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.

result for merge data

#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO
chrN    100XX   rsXXXXXXXXX     T      A       .       PASS    OTHERKG;R5;RS=XXXXXXXXX;RSPOS=10020;SAO=0;SSR=0;VC=DIV;VP=0XXXX;WGT=1;dbSNPBuildID=138
chrN   10XXX   rsXXXXXXXXX     G       C       .       PASS    OTHERKG;R5;RS=XXXXXXXXX;RSPOS=10109;SAO=0;SSR=0;VC=SNV;VP=0x050XXX;WGT=1;dbSNPBuildID=138
chrN   10XXX   rsXXXXXXXXX     C       A       .       PASS    OTHERKG;R5;RS=3684XXXXXXX;RSPOS=10139;SAO=0;SSR=0;VC=SNV;VP=0x0XXX;WGT=1;dbSNPBuildID=138

Is any solution for generating proper file? I heard bcftools 'concat' command used as merging chromosome information to one vcf file, so it doesn't fit my situation.

Answer 1

[Jihyun]

I found the answer of this problem. VCF "Format" option failed to survive with labeling process, and check --recode-INFO-all option changed into --recode-INFO.