Question: read count in 0 using multicov but the position have multiples read
0
gravatar for mgadrianam
5.0 years ago by
mgadrianam20
Colombia
mgadrianam20 wrote:

Hi, everyone

I want to know the count of reads that overlap, this is the bed file, when I used IGV I found that in position for example,  51693268-51693291 of microRNA-125 on differents bams file have 12,  73, 75, 379, 400

chr19    10552122    10552144    hsa-miR-1238-5p
chr19    51693268    51693291    hsa-miR-125a-5p
chr19    20399320    20399342    hsa-miR-1270
chr19    13874910    13874932    hsa-miR-181d-5p
chr19    10817469    10817491    hsa-miR-199a-5p
chr19    28798188    28798210    hsa-miR-3134
chr19    813590    813612    hsa-miR-3187-5p
chr19    18282129    18282151    hsa-miR-3188
chr19    18386570    18386594    hsa-miR-3189-5p
chr19    47226988    47227010    hsa-miR-3190-3p
chr19    47226952    47226974    hsa-miR-3191-3p
chr19    45639009    45639031    hsa-miR-330-3p
chr19    4770700    4770723    hsa-miR-3529-3p
chr19    53787716    53787738    hsa-miR-371a-3p
chr19    53787678    53787700    hsa-miR-371b-3p
chr19    53787931    53787953    hsa-miR-372-3p
chr19    53787895    53787917    hsa-miR-372-5p
chr19    53788748    53788770    hsa-miR-373-3p
chr19    20027075    20027100    hsa-miR-3916

I when I used multicov from bedtools

 bedtools multicov -bams SRR1054203.segemehl_chr19.sam.bam.sorted.bam SRR1054204.segemehl_chr19.sam.bam.sorted.bam SRR1054205.segemehl_chr19.sam.bam.sorted.bam SRR1054206.segemehl_chr19.sam.bam.sorted.bam SRR1054207.segemehl_chr19.sam.bam.sorted.bam SRR1054208.segemehl_chr19.sam.bam.sorted.bam -bed ../genome/chromosome.19_hsa_mature.fasta.bed.out > conteo_mature_hsa_microRNAs

chr19    10552122    10552144    hsa-miR-1238-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    51693268    51693291    hsa-miR-125a-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    20399320    20399342    hsa-miR-1270    0    0    0    0    0    0
chr19    13874910    13874932    hsa-miR-181d-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    10817469    10817491    hsa-miR-199a-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    28798188    28798210    hsa-miR-3134    0    0    0    0    0    0
chr19    813590    813612    hsa-miR-3187-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    18282129    18282151    hsa-miR-3188    0    0    0    0    0    0
chr19    18386570    18386594    hsa-miR-3189-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    47226988    47227010    hsa-miR-3190-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    47226952    47226974    hsa-miR-3191-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    45639009    45639031    hsa-miR-330-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    4770700    4770723    hsa-miR-3529-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    53787716    53787738    hsa-miR-371a-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    53787678    53787700    hsa-miR-371b-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    53787931    53787953    hsa-miR-372-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    53787895    53787917    hsa-miR-372-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    53788748    53788770    hsa-miR-373-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    20027075    20027100    hsa-miR-3916    0    0    0    0    0    0
chr19    804977    804999    hsa-miR-4745-3p    0    0    0    0    0    0
chr19    804941    804963    hsa-miR-4745-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    4445987    4446009    hsa-miR-4746-5p    0    0    0    0    0    0
chr19    49933073    49933096    hsa-miR-4751    0    0    0    0    0    0
chr19    58386827    58386849    hsa-miR-4754    0    0    0    0    0    0

what could be the problem, thanks you for your time and consideration

Cordially,

Adriana

rna-seq alignment next-gen • 1.7k views
ADD COMMENTlink written 5.0 years ago by mgadrianam20

Do the BAM files use the same chromosome names (i.e., chr19 rather than 19)? That's a common cause of things like this.

ADD REPLYlink written 5.0 years ago by Devon Ryan94k

Thanks very much!! it works

Kind regards,

Adriana

ADD REPLYlink written 4.9 years ago by mgadrianam20
Please log in to add an answer.

Help
Access

Use of this site constitutes acceptance of our User Agreement and Privacy Policy.
Powered by Biostar version 2.3.0
Traffic: 2105 users visited in the last hour