**2.7k**wrote:

Hi ,

I have my bam file in this order:

samtools view -H my.bam

@CO Duplicates marked (bamUtil Version: 1.0.2)

@SQ SN:chr1 LN:249250621 AS:hg19

@SQ SN:chr10 LN:135534747 AS:hg19

@SQ SN:chr11 LN:135006516 AS:hg19

@SQ SN:chr12 LN:133851895 AS:hg19

@SQ SN:chr13 LN:115169878 AS:hg19

@SQ SN:chr14 LN:107349540 AS:hg19

@SQ SN:chr15 LN:102531392 AS:hg19

@SQ SN:chr16 LN:90354753 AS:hg19

@SQ SN:chr17 LN:81195210 AS:hg19

@SQ SN:chr18 LN:78077248 AS:hg19

@SQ SN:chr19 LN:59128983 AS:hg19

@SQ SN:chr2 LN:243199373 AS:hg19

@SQ SN:chr20 LN:63025520 AS:hg19

@SQ SN:chr21 LN:48129895 AS:hg19

@SQ SN:chr22 LN:51304566 AS:hg19

@SQ SN:chr3 LN:198022430 AS:hg19

@SQ SN:chr4 LN:191154276 AS:hg19

@SQ SN:chr5 LN:180915260 AS:hg19

@SQ SN:chr6 LN:171115067 AS:hg19

@SQ SN:chr7 LN:159138663 AS:hg19

@SQ SN:chr8 LN:146364022 AS:hg19

@SQ SN:chr9 LN:141213431 AS:hg19

@SQ SN:chrM LN:16571 AS:hg19

@SQ SN:chrX LN:155270560 AS:hg19

@SQ SN:chrY LN:59373566 AS:hg19

@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.6.1-r104

And I wanna order it as, this:

@CO Duplicates marked (bamUtil Version: 1.0.2)

@SQ SN:chr1 LN:249250621 AS:hg19

@SQ SN:chr2 LN:243199373 AS:hg19

@SQ SN:chr3 LN:198022430 AS:hg19

@SQ SN:chr4 LN:191154276 AS:hg19

@SQ SN:chr5 LN:180915260 AS:hg19

@SQ SN:chr6 LN:171115067 AS:hg19

@SQ SN:chr7 LN:159138663 AS:hg19

@SQ SN:chr8 LN:146364022 AS:hg19

@SQ SN:chr9 LN:141213431 AS:hg19

@SQ SN:chr10 LN:135534747 AS:hg19

@SQ SN:chr11 LN:135006516 AS:hg19

@SQ SN:chr12 LN:133851895 AS:hg19

@SQ SN:chr13 LN:115169878 AS:hg19

@SQ SN:chr14 LN:107349540 AS:hg19

@SQ SN:chr15 LN:102531392 AS:hg19

@SQ SN:chr16 LN:90354753 AS:hg19

@SQ SN:chr17 LN:81195210 AS:hg19

@SQ SN:chr18 LN:78077248 AS:hg19

@SQ SN:chr19 LN:59128983 AS:hg19

@SQ SN:chr20 LN:63025520 AS:hg19

@SQ SN:chr21 LN:48129895 AS:hg19

@SQ SN:chr22 LN:51304566 AS:hg19

@SQ SN:chrX LN:155270560 AS:hg19

@SQ SN:chrY LN:59373566 AS:hg19

@SQ SN:chrM LN:16571 AS:hg19

@PG ID:bwa PN:bwa VN:0.6.1-r104

How can I sort it in this order and arrange it?

Thank you